Lilla Villan sai alkunsa vuonna 2010, kun Keski-Sipoossa sijaitseva Gesterbyn kyläkoulu lakkautettiin. Ammattitaiteilijoista koostuva ryhmä perusti yhdistyksen säilyttääkseen Gesterbyn koulurakennus yleishyödyllisessä käytössä. Yhdistyksessä nähtiin mahdollisuus tuottaa laadukasta kulttuuritoimintaa paikallisista lähtökohdista, joka palvelisi koko Itä-Uudenmaan aluetta. Kesällä 2011 Sipoon kulttuurijohtaja ehdotti, että hanke toteutettaisiin vanhassa kunnantalossa Sipoon keskuksessa, Nikkilässä. Sipoon kunnan omistuksessa oleva kaunis hirsitalo oli aikaisemminkin ollut paikallistoimijoiden kulttuuri- ja harrastuskäytössä.
Syksyllä 2011 syntyivät ensimmäiset toimintasuunnitelmat rakennuksen käyttöönottamisesta ja tammikuussa 2013 Sipoon kunnanhallitus päätti vuokrata kunnantalon Lilla Villanin ystävät ry:lle. Kun talo saatiin yhdistyksen käyttöön kesäkuussa 2013, toteutettiin omakustanteisesti mittava remontti. Kulttuuritalo Lilla Villan avasi ovensa yleisölle elokuussa 2013. Siitä lähtien toiminnan kasvu on ollut nopeaa.
